２００９年度予算が３月２４日の評議員会、２７日の臨時理事会を経て決定した。資金収支予算は前年度予算比１５億円減の２４８５億円。評議員会の出席者は酒井健夫総長ら１１６人（うち委任状１４人）だった。また、臨時理事会の出席者数は３２人（うち委任状５人）。
評議員会では商学部、医学部、付属高校の借入金に関する案件、学科増設や名称変更に伴う寄附行為規則の一部改正の議案も承認された。
【収入】学生生徒等納付金収入が文理学部、理工学部、生物資源科学部などの学生生徒等の数が増加したことに伴い１４億９３２９万円（前年度比１・４６％）増。寄付金収入が特別寄付金の増加などにより７億８２６６万円（同２３・０５％）増。医療収入は手術室の効率的利用や医療機器更新による入院収入の増収などで９億５９８８万円（同２・０７％）増となった。
資産運用収入は金利低下に伴う定期預金等利息の減少などにより９億４０２３万円（同１６・４７％）減となった。
【支出】人件費支出が退職金減少などにより、２億４９０２万円（同０・２４％）減。施設関係支出は法学部三崎町校舎１０号館と４号館、文理学部新教室棟などの完成により５６億６３８２万円（同２６・６５％）減となった。
一方、教育研究経費支出は、キャンパス整備事業の進行や医学部付属板橋病院の設備保守費増加に伴う業務委託費増加などにより、２２億６０８１万円（同３・８３％）増となった。
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