２０１６年度予算が３月１５日の評議員会、１８日の臨時理事会を経て決定した。
資金収支予算総額は２６９８億円で、前年度より１１０億円の増加となった。
【収入】収入の柱である学生生徒等納付金収入は新学部開設や部科校の学費の増額改定などにより、１０６９億３８３６万円（前年度比１・９９％増）。医療収入は日本大学病院での病床の効率運用や医学部付属板橋病院の新規医療機器の導入などにより、４９９億３５２３万円（同３・６１％増）となった。
一方、補助金収入は私立大学等経常費補助金の減少により１５５億１８６１万円（同３・２６％減）だった。
【支出】人件費支出は教員６５歳定年制と再雇用制度に伴う退職金の計上により、１０５７億４８０５万円（同５・６７％増）となった。
【事業活動収支予算】経営状況を示す「基本金組入前当年度収支差額」は５２億円の収入超過となり、昨年度の７億円から大幅に増加した。この１０年間では１０年度決算の７１億円に次ぐ額で、経営状況の好転を見込んでいる。
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