２０１３年度の予算が３月１４日の評議員会、同１５日の臨時理事会を経て決定した。
資金収支予算は、前年度比３５億５０００万円増の２５７６億５０００万円で承認された。
【収入】学生生徒等納付金収入は学生数減少に伴い前年度比１・７５％減の１０３６億３２９１万円。寄付金収入は特別寄付金の減少などにより同１７・５１％減の４１億７４６０万円。医療収入は医学部付属板橋、駿河台病院の患者数の増加などにより同２・６６％増の４７０億９８６万円。
【支出】人件費支出は教職員定年退職者の減少などに伴う退職金の減少で同２・８１％減の１０３９億９１３万円。教育研究経費支出は法、松戸歯学部校舎の耐震補強工事の終了などにより同６・７７％減の４２５億２４８１万円。医療経費支出は医学部付属板橋、同駿河台病院の医療材料費の増加などにより同４・７１％増の１３２億３３６５万円。施設関係支出、設備関係支出は学生寮などの新設工事に伴い、それぞれ２３７億８５２０万円（同５９・６６％増）、６２億１８６９万円（同４８・５２％増）。
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